我国实行一国两制制度，因此香港特别行政区的专利制度与大陆的专利制度并行，对于在中国大陆提出申请的专利，香港特别行政区不会自动给予保护。如果申请人仅在中国大陆的国家知识产权局申请专利，将无法保护其在香港特别行政区的权益。笔者通过本文对香港特别行政区的专利申请进行说明，以帮助申请人了解香港专利申请流程，从而全方面维护自身的权益。
香港特别行政区的专利包括标准专利和短期专利。标准专利的有效期最长为20年，并且需要在第三年以后每年续期一次。短期专利的有效期最长为8年，并且需要在提交申请日起计四年后续期一次。
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转录标准专利必须以三个指定专利局的专利注册为基础，即中国专利局、英国（联合王国）专利局和欧洲专利局(欧洲专利指定英国)，专利申请程序分为以下两个阶段。指定专利申请的记录请求：在指定专利局发表指定专利申请后的6个月内（从专利申请公布日起6个月内）提交记录请求，向香港知识产权署注册处申请备案，由香港知识产权署注册处对指定专利申请进行形式审查。如果指定专利申请的形式检查合格，则予以备案并公布。如果指定专利申请存在问题，香港知识产权署注册处会通知申请人在两个月内作出更正。指定专利申请是在指定专利局公开的专利申请；指定中国的PCT申请需要由中国专利局以中文进行公布，在中文公布之日起的6个月内提交记录请求；如果指定中国的PCT申请已由国际局以中文公布，须在收到中国专利申请号后的6个月内（或者在进入中国国家阶段日起6个月内）提交记录请求。自指定专利申请被指定专利局授权之日起（或指定专利申请授权公告之日起）的6个月内，向香港知识产权署注册处申请注册与批予请求。香港知识产权署注册处对指定专利申请进行形式审查。如果指定专利申请的形式检查合格，则准予注册并授予香港标准专利和公布。如果指定专利申请存在问题，香港知识产权署注册处会通知申请人在两个月内作出更正。转录标准专利基于指定专利申请，其备案与注册必须依赖于指定专利申请的公布和授权。但转录标准专利一旦在香港被授权即独立于指定专利申请，对转录标准专利的调处、宣告无效和侵权赔偿等将由香港高等法院裁决。2019年12月19日，《2016年专利(修订)条例》及《2019 年专利(一般)(修订)规则》生效后，申请人可直接在香港提交原授标准专利申请，无需先在香港以外的指定专利局提交相应的专利申请。与转录标准专利申请不同，原授标准专利须由香港知识产权署注册处处长进行形式审查和实质审查。实质审查用于确定专利申请是否具有可专利性，即该专利申请是否具有新颖性，创造性和工业实用性。新专利制度下，启用了新的编号格式，在《2016年专利(修订)条例》生效日期当日或之后提交的授权标准专利申请、转录标准专利及短期专利申请，其香港申请编号和香港发表编码采用新格式。释义：“T”为单位数字，表示申请类别，T=2代表原授标准专利申请，T=3代表不是以根据《专利合作条约》所提交申请为基础的短期专利申请，T=4代表相关指定专利申请不是以根据《专利合作条约》所提交申请为基础的转录标准专利申请，T=5代表以根据《专利合作条约》所提交申请为基础的短期专利申请，T=6代表相关指定专利申请是以根据《专利合作条约》所提交申请为基础的转录标准专利申请。（2）香港发表编号(或专利编号(如获批予专利) )释义：“T”为单位数字，表示申请类别，T=2代表原授标准专利申请，T=3代表短期专利申请，T=4代表转录标准专利申请。 “SSSSSSS”为涵盖所有申请类别的七位数编号。
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短期专利需要以PCT检索单位（例如中国专利局、欧洲专利局、美国专利局、日本专利局、奥地利专利局、澳大利亚专利局和瑞典专利局等）或其中一个指定专利局作出的检索报告为基础，仅进行形式审查，不作实质性审查。指定中国的实用新型PCT申请在收到中国专利局给出的中国专利申请号后的6个月内（或者在进入中国国家阶段之日起6个月内），可以向香港知识产权署申请短期专利，申请人需要提供PCT阶段的国际检索报告。如果短期专利申请存在问题，香港知识产权署注册处会通知申请人在两个月内作出更正。与对独立权利要求的数量没有限制的原授标准专利或转录标准专利不同，短期专利最多只能包括两项独立权利要求。此外，虽然香港知识产权署注册处在短期专利的申请阶段仅对短期专利申请进行形式审查，但短期专利的所有人或第三方可在短期专利授权后请求香港知识产权署注册处对短期专利进行实质审查，短期专利的所有人在展开强制执行的法律程序前，也必须先请求香港知识产权署注册处对该短期专利进行实质审查。当一项短期专利的所有人就一项未经实质审查的短期专利向另一人威胁提起侵权法律程序时，前者必须根据指称侵权人的请求向他／她提供充足资料以识别该项涉案专利。
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